ในอดีตโครงการศึกษาทั้ง 3 โครงการฯ ได้แยกกันอยู่อย่างเอกเทศคือ โครงการศิลปศาสตรบัณฑิต

วิทยาลัยสหวิทยาการเกิดจากสภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้มีมติให้มีการรวมโครงการศึกษา 3 โครงการ คือ โครงการศิลปศาสตรบัณฑิต  สาขาสหวิทยาการสังคมศาสตร์ โครงการศิลปศาสตรมหาบัณฑิต  สาขาสตรีศึกษาและโครงการปรัชญาดุษฎีบัณฑิต  สาขาสหวิทยาการ อยู่ภายใต้โครงสร้างใหม่คือ 
วิทยาลัยสหวิทยาการตั้งแต่วันที่  1  ตุลาคม  2549  เป็นต้นไป

ในอดีตโครงการศึกษาทั้ง  3  โครงการฯ ได้แยกกันอยู่อย่างเอกเทศคือ  โครงการศิลปศาสตรบัณฑิต  สาขาสหวิทยาการสังคมศาสตร์   เปิดการเรียนการสอนในปีการศึกษา 2542  โดยอยู่ภายใต้โครงการจัดตั้งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ศูนย์ลำปางในระยะแรก

สำหรับโครงการศิลปศาสตรมหาบัณฑิต  สาขาสตรีศึกษา เดิมอยู่ภายใต้การดำเนินงานของ 2 หน่วยงาน คือสำนักบัณฑิตอาสาสมัคร และโครงการสตรีและเยาวชนศึกษา  ซึ่งได้เริ่มเปิดการเรียนการสอนในปีการศึกษา 2544  ที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์  ท่าพระจันทร์

ส่วนโครงการปรัชญาดุษฎีบัณฑิต  สาขาสหวิทยาการ  เดิมอยู่ภายใต้บัณฑิตวิทยาลัย ต่อมาได้เปลี่ยนสถานภาพเป็นสำนักงานบัณฑิตศึกษา  โครงการปรัชญาดุษฎีบัณฑิต  สาขาสหวิทยาการ  ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้เปิดการเรียนการสอนได้ตั้งแต่ปีการศึกษา  2542  แต่โครงการฯ ได้เริ่มรับนักศึกษารุ่นแรกเข้าศึกษาในปีการศึกษา 2543  ที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์